Op 10 maart 1838 overleed in Den Bosch Paulus Verbeke, de organist van de Sint-Janskerk. Na het overlijden van deze organist had een concours voor de opvolging plaats. Uiteindelijk namen er aan dit eindexamen slechts twee kandidaten deel: Van Paeschen en J. Batholomeus, de organist van de Maastrichtse Sint-Servaeskerk. Op 10 en 11 augustus 1839 vond de wedstrijd plaats. Van Paeschen won en in het uitvoerig rapport over het concours stond over zijn spel: „weinig aan te merken, veel te loven”. Op 1 oktober 1839 erd Pieter-Jan van Paeschen aangesteld tot organist, tegen een jaarsalaris van driehonderd gulden.

Gedurende de tijd dat Van Paeschen als organist aan de Sint-Jan was verbonden gebeurde er veel. De Sint-Jan werd opnieuw parochiekerk (1840), Den Bosch weer bisschopsstad en de Sint-Jan kathedraal (1853), terwijl in hetzelfde jaar het Mirakelbeeld terugkeerde. Er werd een begin gemaakt met de restauratie van de Sint-Jan (1860) en de stad vierde haar zevenhonderdjarig bestaan (1885).

Formeel werd er op 10 oktober 1847 een parochieel koor opgericht in de Sint-Jan, maar vermoedelijk bestond dit koor al eerder. Van Paeschen werd er directeur van. In 1853 zou dit parochieel koor een kathedraal koor worden. Ten behoeve van dit koor componeerde Van Paeschen een groot aantal werken. Van zijn hand verschenenvier missen en talloze andere geestelijke en profane werken, waaronder een 'Biergalop'. Pieter Jan van Paeschen was oprichter en eerste directeur van de Liedertafel 'Oefening en Uitspanning'. Hij had daar veel succes mee. Het eerste optreden in Amsterdam op een groot concours (waar men insinueerde dat deze Bossche boeren op klompen en met petten zouden optreden) eindigde met het behalen van de eerste prijs.

Tot op hoge leeftijd bleef Van Paeschen actief. Omstreeks Kerstmis 1886 kreeg hij bij het verlaten van het orgel een beroerte. Vlak voor hij van de hoge orgeltrap dreigde te vallen kon hij worden opgevangen. Van Paeschen bleef met zijn gezondheid sukkelen en overleed 6 april 1887, 77 jaar oud.

Op het graf van Van paeschen te Orthen werd door „vrienden en vereerders” (vermoedelijk op initiatief van kerkmeester Bolsius) een grafmonument van hardsteen geplaatst met daarop het wit marmeren borstbeeld van de kunstenaar. In juni 1891 werd het onthuld. Profaner hulde werd hem gebracht op 28 februari 1921 toen het gemeentebestuur in het uitbreidingsgebied 'De Bossche Pad' een straat naar hem noemde, de Van Paeschenstraat.